Wcielając się w potężnego Big Daddy’ego otrzymujemy wszystkie jego charakterystyczne umiejętności. Podstawową bronią bohatera jest ogromne wiertło, oraz rivet gun, czyli potężne pneumatyczne działo. Gracze mogą również wykorzystywać znane z pierwszej części toniki i plazmidy, znacznie ulepszające niektóre parametry opisujące postać i oferujące nowe, niezwykłe umiejętności (np. zdolność podpalania przeciwników). Różne mutacje możemy też ulepszać, zwiększając tym samym moc ich działania. Istotną zmianą w stosunku do części pierwszej jest możliwość równoczesnego korzystania z plazmidów i broni palnej. Przydatnym dodatkiem jest również umieszczona na hełmie latarka automatycznie aktywowana w kilku momentach przygody.